Karakteristikat më interesante të faunës në Parkun Kombëtar Pelister janë shumëllojshmëria dhe heterogjeniteti i tij, si dhe prania e shumë specieve reliktive dhe endemike. Speciet endemike regjistrohen kryesisht në grupe jovertebrore të organizmave.

Fauna tokësore jokonverte  (tokësore) e Pelisterit tregon praninë e gjithsej 288 taksonëve, të cilat i përkasin gjithsej 10 grupeve jovertebrore.

Nga invertebrorët, në Liqenin e vogël akullnajor ekziston një popullacion mburrëse e draguafly Chirocephalus diaphanus carinatus, e cila është një takson ballkanik-endemik ballkanik.

Amfipodi Niphragus pancici peristericus, një endemikë e Pelisterit, jeton ekskluzivisht në liqenin e madh akullnajor “Liqeni i Madh”. Vetëm në ujërat e këtyre dy liqeneve akullnajore është karkaleci harpaktikoid Arcticocampus macedonicus.

Në ujërat burimorë së PK Pelister, në një lartësi prej 1600 dhe 2200 m jetojnë dy specie relikt-endemike  të ostrakodeve: (Iliodromus peristericus dhe Eucypris diebeli). Elementet e faunës relikt-endemike janë gjithashtu të pranishme në përrenjtë malorë dhe lumenjtë e Parkut Kombëtar. Pleoptera endemike maqedonase Nemoura peristeri është e pranishme për gjatë lumi tët Magarevës.

Disa specie endemike të Pelisterit janë të pranishme në të gjithë pyllin dhe brezin e lartë malor, siç janë: Centipede i Pelisterit (Brachydesmus peristerensis); Insektet me krahë të forte     : (Alpaeus macedonica, Cychrus attenuatus peristericus, Duvaliotes peristericus, Platyduvalius macedonicus, Trechus hajeki), molë (Hadena clara macedonica) dhe fluturat e vogla: (Scythris crypta dhe Scythris similis).

Në vertebrorët e Pelisterit, përveç 2 specieve të peshqve, është e dukshme edhe prania e 12 specieve amfibësh, 16 specie zvarranikësh, ose 50% nga shumëllojshmëria e zvarranikëve në Maqedoni, 116 lloje zogjsh, nga të cilët 5 janë në zhdukje dhe 47 lloje gjitarësh .

Ekzistojnë dy lloje të troftës në Parkun Kombëtar. Ekskluzivisht në rrjedhën e sipërme të lumenjve Sapunçica, Zlokuqanska dhe Rotinska jetojnë trofta (Salmo pelagonicus), dhe në lumin e Brajçinës jeton trofta e Pelisterit (Salmo peristericus) që janë specie endemike të Pelisterit. Brezi i lartë malor i Pelisterit është i banuar nga një faunë specifike. i cili është një mozaik i elementeve religjionale malësore mesdhetare, pastaj elemente faunale boreale, arkto-alpine dhe stepe. Speciet më të mrekullueshme në këtë brez janë kamxhiku i Ballkanit (Rupicapra rupicapra balcanica).

Prej zogjve, speciet karakteristike për këtë vend janë: pjesëza me brirë të kuq (Pyrrhocorax pirrhochorax), trungu i stepës (Monticola saxatilis), (Turdus torquatus) dhe (Alectoris graeca).

Katër taksonë gjitarësh janë përshkruar për herë të parë nga vendet brenda Parkut Kombëtar: nishani i verbër ballkanik (Talpa caeca beaucournii), një banor tipik i pyjeve molibden. Nishani ballkanik (Talpa stankovici), i përshkruar në bazë të mostrave të mbledhura nga livadhet malore në Parkun Kombëtar. Kjo specie është e regjistruar si subendemite maqedonase, sepse gjendet pjesërisht në zonat kufitare të Greqisë dhe Shqipërisë.

Livadhi me gjethe maqedonase (Clethrionomys glareolus makedonicus), i regjistruar së pari dhe i përshkruar nga pyjet gjetherënës dhe të përzier të Pelisterit, është gjithashtu një endemikë maqedonase. Livadhi maqedonas (Microtus felteni), i përshkruar nga pyjet molike të Pelisterit, është një endemikë maqedonase, sepse deri më tani është regjistruar vetëm në malet e Maqedonisë Perëndimore.

Në brezin pyjor të Parkut Kombëtar, përfaqësuesit më karakteristikë të vertebrorëve janë:

(Salamandra salamandra),

(Trituruis carnifex macedonicus),

(Rana dalmatina),

(Rana graeca),

(Hyla аrharea),

(Testudo hermanni),

(Elaphe longissima),

(Coronella austriaca),

(Scolopax rusticola),

(Bonasa bonasia),

(Bubo bubo),

(Strix aluco),

(Caprimulgus europaeus),

(Dryocopus martius),

(Picus viridis),

(Accipiter gentilis),

(Aquilla chrysaetos),

(Erinaceus concolor),

(Sciurus vulgaria),

(Muscardinus avellanarius),

(Dryomys nitedula),

(Glis glis),

(Lepus europaeus),

(Martes foina),

(Meles meles),

(Vulpes vulpes),

(Felis silvestris),

(Lynx lynx martinoi),

(Canis lupus),

(Ursus arctos),

(Sus scrofa),

(Cervus elaphus),

(Capreolus capreolus)