Flora në Parkun Kombëtar Pelister me pasurinë, larminë dhe ngjyrën e saj është një nga vlerat më të rëndësishme të biodiversitetit në këtë mal dhe tërheq interesin e studiuesve, vizitorëve dhe dashamirëve të parqeve më të vjetër dhe një nga më të bukurit parqe kombëtare në R. e Maqedonisë së Veriut.

Flora e Pelisterit tani numëron 1307 taksonë. Flora e Pelisterit me pasurinë dhe larminë e saj gjithmonë ka tërhequr vëmendjen e studiuesve. Flora e Pelisterit dhe malit Baba u bë e njohur për një rreth më të gjerë botanistësh për herë të parë pas shfaqjes së veprës pionierike të Grisebach (1843-44): Spicilegium florae Rumelicae et Bithynicae, e cila për herë të parë dha të dhëna me lule për territorin e Maqedonisë, dhe në atë kontekst edhe për Pelisterin. Përkatësisht, botanisti gjerman Grisebach është botanisti i parë që viziton këtë mal (1839) dhe ai përshkroi disa specie të reja për shkencë, duke përfshirë speciet Pinus peuce Grisebach (molika), e cila është një brend i Pelisterit.

Në Shtojcën e Planit të Menaxhimit të PK “Pelister” nga viti 2006, u përfshinë vetëm 1034 bimë takson. Nga këto, 21 ishin myshqe, mbi të cilat nëpërmjet disa hulumtimeve shtesë në vitin 2019, numri u shtua deri në 273 specie të reja të myshkut, të regjistruara kryesisht nga studiuesi  finlandez Kimmo Sirjanen. Kështu, flora e PK “Pelister” tani përfaqësohet nga 1307 taksonë.

Në Pelister rriten 88 lloje drunjsh, që përfaqëson 29% të dendroflorës totale në Maqedoni. Shumica e zonave pyjore të Pelisterit janë ah, dhe pyjet molika (Rines reise Grisebach) dhe formojnë kompaktësi të biodiversitetit në rangun e lartësisë prej 700 – 2200 m dhe është një markë floristike e Pelisterit. Pyjet e lisit – 487 ha – në Pelister paraqesin zonën më të vogël pyjore. Pjesa tjetër janë pyje të përziera, si vijon: molikë – bredhi, molikë – ah, molikë – ahu – bredhi, ahu – bredhi dhe ahu – pyje lisi. Në bimësinë e Pelisterit ekzistojnë 21 bashkësi bimore, nga të cilat 8 janë me pyje  dhe 13 janë bashkësi me bar.

Interesimi për florën e këtij mali si në të kaluarën ashtu edhe sot është i pranishëm në shumë botanistë të huaj dhe vendas – floristë dhe fitocenologë. Në veprat e tyre, ky thesar botanik zbulohet gradualisht dhe njohuritë për karakteristikat e saj të florës-vegjetacionit plotësohen vazhdimisht. Midis tyre, më dominuesit janë familjet Asteraceae (Compositae), Caryophyllaceae, Fabaceae (Leguminosae), Poaceae (Gramineae), Rosaceae, Lamiaceae (Labiatae) etj.